Bağırsak mikrobiyotasını etkileyen en önemli çevresel  faktörlerden biri diyettir.

Bağırsakların mukoza zarı yiyeceklerdeki su ve besin öğelerini kan dolaşımına emebilen özelliğe sahiptir. Ancak bağırsak geçirgenliği durumunda toksinler ve sindirilmemiş gıda parçacıkları bağırsaktan kana geçmektedir. Kan dolaşımına ulaşan maddeler vücutta çeşitli hastalıklara sebep olabilecek inflamatuar yanıtı tetikleyerek sinir sistemi ve bağışıklık sistemini olumsuz etkiler. Kan aracılığı ile beyne ulaşan bu moleküller otizmle ilişkili davranışların tetiklenmesinde etkili olmaktadır.

Ayrıca diyet, bağırsak mikrobiyotasında bulunan bakterilerin  tür  ve  miktarında değişikliğe neden olur. Beslenme ile ilgili kısa süreli değişikliklerden ziyade uzun süreli beslenme alışkanlıkları bağırsak mikrobiyota kompozisyonu üzerinde etkilidir. Bağırsak bakterileri arasında enterotip belirlenmesi mevcut diyet kompozisyonu hakkında fikir verir.

Otizmli bireylerin bağırsak mikrobiyomunun değerlendirilmesi ile geçirgenlik durumu, bakteri veya mayalardaki miktar ve tür dengesi, sindirim enzimlerinin miktarı dikkate alınarak sağlıklı bir mikrobiyomu desteklemek için gerekli beslenme müdahaleleri uygulanmakta, beslenme planları kişiselleştirilmektedir.