Öncelikle otizmin sebebi her vaka için ayrı ayrı ele alınması en doğru yaklaşım olmakla birlikte; genel anlamda otizmin sebepleri üç ana grupta toplanmıştır. 1. Çevresel faktörler 2. Genetik faktörler 3. Epigenetik faktörler. Üç faktör de birbirleri ile karşılıklı etkileşim halindedirler. Örneğin çevresel faktörler, bir taraftan genetik faktörleri (genlerin kendilerini ifade edebilmeleri/ifadenin baskılanmasını) etkiler iken aynı zamanda epigenetik değişikliklerin tetiklenmesine de neden olabilmektedirler. Genetik faktörler, diğer faktörler ile birlikte olmak üzere toplamda %10 oranında tabloya eşlik edebilmektedir. Saf genetik etiyoloji ise çok daha az oranda görülmektedir.  Çevresel faktörler arasında doğum ile ilgili pek çok maddeler (ileri yaşta baba olma, gebelik döneminde geçirilen ateşli hastalıklar, özellikle de rahim içi enfeksiyon geçirmiş olmak, erken doğum, doğumda bebek beyninin uzun süre oksijensiz kalması, sezeryan doğum, mama ile beslenme…) bildirilmiş olmakla birlikte bu faktörlerin her birisinin tek başına otizm tetikleyerek başlatabileceğine dair kesin kanıtlar bulunmamaktadır. Ancak; ağır metaller, kimyasal toksik ajanlara yüksek dozda ve uzun süre maruz kalması, diyet ve beslenme ile ilgili bozukluklar daha fazla oranda öneme sahip faktörlerdir. Yapılan çalışmalarda gebelik öncesi ve gebelik dönemlerinde anneye ait bağırsak mikrobiyota bozuklukları ile tetiklenen ‘’maternal immün aktivasyon’’ yani ‘’ Annenin bağışıklık sisteminin rahim içinde fetüse karşı aktiflenmesi’’ nin otizm gelişiminde rahim içi dönemde sinirlere ait kök hücrelerin sinir hücrelerine gelişimi konusunda birinci derecede etkin rolü olduğuna dair bilgiler mevcuttur.  Her bozukluğun tıbbi olarak açıklanabilen nedenleri vardır. Hiçbir şey kendiliğinden veya tesadüfen meydana gelmez.