Otizmde bağışıklık sisteminin düzenlenmesi ile ilgili tıbbi problemlerin nedenlerinden birisi de bağırsak mikrobiyotasında yer alan ve bağışıklık sisteminin düzenlenmesi ile ilgili (immün modülasyon) görevleri olan mikrobiyota üyesi bakterilerde tür çeşitliliği ve sayısal denge bozukluklarıdır.

Buradan hareketle; bağırsak mikrobiyom profilinde genel anlamda ve özllikle de bağışıklık sisteminin düzenlenmesinde rol üstlene bakterilerdeki denge bozukluklarının düzeltilmesi sonucunda; bağışıklık sistemindeki problemlerin onarımına katkıda bulunmak mümkündür.

Ayrıca enflamasyonun yaygın olarak aktifleşmesi ve buna bağlı olarak da açığa çıkan oksidatif stres ve nitrozamid stres yolaklarıın kontrolsüz aktivasyonları da hem bağışıklık sistem cevaplarının düzenlenmesinde hem de oto immün hastalıkların gelişiminde etkili olan ve istenilmeyen antikor cevaplarının (oto antikorlar) meydana gelmesinde rolleri olduğu gibi; bu yolakların kontrol edilmesi ve aktifleşmlerinin durudurlması da kuşkusuz otizmde görülen bağışık cevapların düzenlenme ve fonksiyon bozukluklarının yeniden düzenlenmesi ve kontrol edilmesinde onarıcı etkiler gösterebilmektedir.