Bağırsak mikrobiyotasında yer alan bakterilerin direkt ve indirekt pe çok önemli görevleri vardır. Her bir bakteri grubu direkt olarak insan vücudunun tamamı ile ilgili önemli sonuçlar doğuran görev gruplarından sorumludur: bağırsak mukoza sağlığı, bağırsak mukozası üstünde yer alan mukoza için biyolojik koruyucu görevi olan müküs tabakasının yenilenmesi ve kalınlığının korunması, histaminerjik (histamin üreten) mikrobiyota, enflamasyonu uyaran ve başlatan Lipopolisakkarit (LPS) den zengin mikrobiyota, bağışıklık sisteminin düzenlenmesinden (immün modulasyon) sorumlu mikrobiyota, nöro-aktive mikrobiyota, liflerin fermentasyonu, kısa zincirli yağ asitleri üretiminden sorumlu mikobiyota, bağırsak bariyeri sağlamlığından sorumlu mikrobiyota, bütirat üreten mikrobiyota….gib pek çok görevleri vardır.

Enflamasyonun aktivasyonunun kök nedeni insan bağırsak mikrobiyotasındaki denge bozukluklarıdır.