Bağırsak mikrobiyota bozuklukları, mikrobiyota üyesi olan bakterilerde tür sayısı ve çeşitlilikteki dengenin bozulmanın sonucudur. Dolayısı ile de yapılması gereken bozulan dengenin yeniden tesis edilmesidir. Bunun için yapılacak mikrobiyom analizlerinde elde edilen kişisel mikrobiyom profil verileri ışığında, bilimsel bilgiler rehberliğinde mikrobiyota dengesi yeniden sağlanabilir.

Herhangi bir molekülün veya bir ürünün mikrobiyotada yer alan bakterileri tanıması ve ayırım yapabilme kabiliyeti yoktur. Bu günümüz şartlarındaki bilimsel gerçeklere aykırıdır.

Ayırım yapmadan bağırsak mikrobiyotasında yer alan çoğunlukla da bize dost olan bakterileri öldürmek de bilimsel dayanağı olmayan geçek dışı uygulamalardır.

Aynı bakteri yeterli sayıda dosttur. Aşırı çoğaldığı zaman zararlı hale gelebilir. Dolayısı ile zararın kaynağı denge bozukluğudur. Çözümü de bozulan dengenin mikrobiyom analiz verileri ışığında yeniden tesis edilmesidir.