Sadece mikrobiyota açısından baktığımız zaman;

1. Mikrobiyotanın sayısal dengesi
2. Mikrobiyota tür çeşitliliği
3. Mikrobiyota tarafından üretilen faydalı veya zararlı nihai metabolizma ürünleri
4. Mikrobiyotada gelişebilen genetik mutasyonlar
5. Mikrobiyota antibiyotik direnç genleri, toksin genleri
6. Bağırsak geçirgenliği
7. Vücudumuzdaki diğer sistemler ile ilişkileri
8. Kısa Zincirli Yağ Asitleri üretimi (KZYA/SCFA’s Short Chain Fatty Acids)
9. Bağırsakta yer alan ve hormon üreten enterokromaffin hücrelerinden salgılanan birtakım hormonlar veya birtakım sinyal molekülleri
10. Bağırsakta yer alan Enterik Sinir Sistemi (ESS/ENS; Enteric Nerveus System) ve bu sinir sisteminin sistemik etkili otonom sinir sistemi ve bunların alt kısımları (sempatik sinir sistemi, parasempatik sinir sistemi) ile olan ilişkileri ve doğuracağı sistemik genel tıbbi sonuçlar
11. Beyni etkileyen sinyal moleküllerinin (nörotransmitterler) bağırsakta sentezlenmesi
12. Sistemik enflamasyon ve alerji cevapları ve oksidatif stres aktivasyonları ile ilişkili olarak bağırsak-mikrobiyotanın önemli roller üstlenmeleri

Gibi vücudumuzdaki bütün sistemler ile ilişkileri vardır sağlık ve hastalıklar ile ilişkili belirleyici tıbbi sonuçlar doğurabilen yönleri vardır.