تتمتع كل مجموعة من البكتيريا في ميكروبيوتا الأمعاء بوظائف مختلفة. البكتيريا التي تنتج الهيستامين (ميكروبيوتا هستامينية) تشمل بشكل رئيسي: Clostridium spp، وأفراد عائلة Enterobacteriaceae مثل Enterobacter spp، وHafnia alveii، وKlebsiella spp، وSerratia spp، وEscherichia spp. زيادة عدد هذه البكتيريا تؤدي إلى إنتاج كميات كبيرة من الهيستامين في الأمعاء، الذي ينتقل إلى الدورة الدموية مسببًا تفاعلات تحسسية موضعية (معوية) وجهازية.

طبيعة ردود الفعل التحسسية أساسها بيولوجيًا هي استجابة التهابية. أي أن المظهر الخارجي هو الحساسية، بينما جوهرها هو استجابة التهابية.

كما توجد بكتيريا مرتبطة بتنشيط الالتهاب في ميكروبيوتا الأمعاء، وتشمل بشكل رئيسي:
Citrobacter spp، Enterobacter spp، Escherichia spp، Klebsiella spp، Providencia spp، Pseudomonas spp، Serratia spp، Sutterella spp.
زيادة هذه البكتيريا تؤدي إلى بدء وتعزيز الالتهاب. في الحساسية، تعمل ميكروبيوتا الهيستامين والبكتيريا المُحفزة للالتهاب معًا، وبعض البكتيريا تكون مشتركة في المسارين معًا، أي أن نفس النوع البكتيري قد يكون مسؤولًا عن إنتاج الهيستامين والتهاب الأمعاء في الوقت نفسه.

بالتالي، فإن السبب الجذري للحساسية والاستجابة الالتهابية التي هي جوهرها، هو خلل التوازن في ميكروبيوتا الأمعاء البشرية، سواء من ناحية عدد الأنواع أو تنوعها. ولذلك، في علاج ومتابعة الأمراض الحساسية والالتهابية المزمنة، من الضروري تحديد الوضع الحالي للميكروبيوتا وتصحيح التوازن الميكروبي من جديد. باستخدام نهج طبي شامل قائم على الأدلة، يتم الحصول على نتائج سريرية إيجابية.