Otizmde pek çok sistem etkilenmektedir. Ancak ana Patoloji Beyindedir. Bağırsak mikrobiyotası, bağırsak beyin bariyeri, kan beyin bariyeri, enerji metabolizması (ATP sentezi), sinir hücreleri için sinyal ileti sisteminin aracı sinyal ileticileri olan nörotransmitter dengesi, esansiyel aminoasitler, kısa zincirli yağ asitleri gibi pek çok konu otizm ile ilişkilidir. Ancak ana patoloji beyindedir.