Otizmde bağırsak mikrobiyom profilinin bilinmesi önemlidir. Bu amaç için mikrobiyom profil analizi yapılabilir. Yeni nesil dizi analizi (NGS; Next Generation Sequencing) olarak bilinen bir yöntem ile bağırsakta var olan bütün mikrobiyom üyesi bakteriler tür ve alt tür düzeyinde belirlenebilmektedir. Sınırlı sayıda bakteri türlerini tanımlayabilen polimeraz zincir reaksiyonu (PCR; Polymerase Chain Reaction) veya gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (rtPCR; real time PCR) metodları bütün mikrobiyotanın tanımlanmasına imkan vermediği için tavsiye edilmemektedir.

Doğru yöntem ile yapılmalı ve belki de daha önemlisi 15-20 sayfalık analiz raporunun konunun uzmanı tarafından detaylı bir şekilde yorumlanabilmesi ve mikrobiyom üyesi bakterilerde görülebilecek sayısal denge ve tür çeşitliği bozuklukları ve bunların doğurduğu sağlığı bozan ve önemli tıbbi patolojik yolakların aktivasyonun neden olabilen sonuçların önlenmesi ve mikrobiyota dengesinin yeniden tesis edilmesi için onarıcı doğru tıbbi müdahelelerin bütüncül bir yaklaşım ile uygulanabilmesi çok daha önemlidir.