Otizmde genetik etiyoloji %10 kadardır. Son yıllarda çevresel faktörler daha çok ön plana çıkmıştır. Genetik ilişki daha çok sendromik durumlarda yani; otizmin genel tablonun içinde yer aldığı ancak, başka önemli klinik bulgular ve problemlerin (gelişme geriliği, mental yetersizlik, ince ve kaba motor becerilerde yetersizlik, epileptik ataklar gibi) birlikte bulunduğu durumlarda görülür.

Genetik eğilimde genlerin kendini ifade etmesi; ekspresyon veya genetik dizilimlerde bozukluklar; mutasyonlar ile karekterizedir. Böyle durumlarda karyotip tayini, WES ya da CES yapılabilir ve genom taranır. Mutasyon bulunması halinde tablonun aydınlatılması için yani; VUS mu,  gerçek patojenik bir değişiklik mi ayırt edilmesi için gerekli ileri incelemeler ve işlemler yapılabilir.

Çevresel faktörler-Genetik faktörler ve epigenetik değişiklikler bu üç parametre birbirleri ile karşılıklı etkileşim halindedirler. Örneğin; Çevresel faktörlerden olan enflamasyon veya mikrobiyota kompozisyon bozuklukları; hem genetik ifadelerin açığa çıkmasında, hem de epigenetik değişikliklerin meydana gelmesinde döngünün tamamlanmasında önemli birer faktör olarak etkili olduğuna dair bir çok bilimsel sonuçlara ve bulgulara ulaşılmıştır.