Beyinde görülen enflamasyon (nöro-enflamsyon) ve sonucunda aktifleşen oksidatif stres ve bunun sonucunda üretilen ve beyindeki miktarları artan serbest radikaller ve reaktif oksijen ürünleri (ROS) beyindeki bağışıklık sistemini uyarmakta ve beyin bağışıklık sisteminde görevli olan bir dizi hücrelerin (mikroglia hücreleri) aktivasyonuna ve sayıca artışlarına ve fonksiyonlarında bozukluklara neden olmaktadır. Mikroglia hücreleri beyin bağışıklık sistemindeki görevleri (makrofaj, fagositoz) nin yanısıra beyinde sinir hücreleri ve sinapslar ve sinyal iletim sistemleri ile ilgili birçok önemli görevleri vardır; başlıca; nöron üretimi (nörogenez), sinaps üretimi (sinaptogenez), sinapsların budanması, sinaptik yapının düzenlenmesi, sinaptik sinyal iletim sistemlerinin düzenlenmesi, sinaptik uyarılma (eksitasyon) ve baskılanma (inhibisyon) E/I dengesinin sağlanması ve sürdürülmesi. Enflamasyona cevap olarak beyinde miktarı aşırı artan mikroglia hücrelerinin nöronal sinyal iletim sistemleri ile görevlerinde (E/I) dengesinin sağlanması ve sürdürülmesinde bozukluklar gelişmektedir ki bunların sonucu otizmde görülen davranış bozuklukları başta olmak üzere diğer buluğların açığa çıkmasına sebebiyet vermektedir.