Otizmde beyinde görülen ana patoloji; Nöro-enflamasyondur. Yani sinir hücrelerinde meydana gelen yaygın enflamasyondur. Enflamasyon aslında vücudumuzu koruyucu mekanizmalarından birisidir. Ancak otizmde beyinde enflamasyonu tetikleyen yolaklar aktive olmaktadır. Enflamasyon aslında beyinde meydana gelebilecek diğer önemli patolojik değişimler için bir başlangıçtır. Pek çok istenmeyen reaksiyon silsilelerin, ardı sıra tetiklemektedir.