Bağırsak sağlığı ve mikrobiyota dengesi ile birçok sistemik sistemik hastalıklar ilişkilidir. Bunlar birçok bilimsel araştırmalarda ortaya konulmuştur ve bilimsel makale olarak yayımlanmıştır.

• İrritable Bağırsak Sendromu-İBS
• İnflamatuvar Bağırsak Hastalıkları-İBH (Ülseratif Kolit, Crohn Hastalığı)
• Astım, Alerji
• Nöro-Psikiyatrik Hastalıklar (Anksiyete, Depresyon)
• Nöro-Gelişimsel Bozukluklar (Otizm, Şizofreni)
• Nöro-Dejeneratif Hastalıklar (Alzheimer Hastalığı, Demans, Parkinson, Multiple Skleroz-MS)
• Endokrin Hastalıklar (Tip 1 ve Tip 2 Şeker Hastalığı Diyabet-DM, Hipertansiyon)
• Bağımlılıklar (Alkol ve Yemek Bağımlılığı)

Gibi daha birçok hastalıklar insan bağırsak mikrobiyota denge bozuklukları ile ilişkilidir.

Buradan şu sonuç çıkartılabilir: Bağırsak mikrobiyota düzenlemeleri ile; bu hastalıkların hem önlenmesine hem de iyileştirilmelerine katkıda bulunmak mümkündür.