Bağırsak mikrobiyotasında asıl sorun denge bozukluğundan kaynaklanmaktadır. Mikrobiyotayı oluşturan bakteri türlerinin sayısal dengesi, tür çeşitliliğinin korunması. Bu iki dengenin sağlanması ve korunması durumunda bağırsak mikrobiyotasındaki bütün bakteriler faydalıdır. Bu dengenin bozulması sonucunda aynı bakteri zararlı olabilmektedir. Başlangıçta bakterileri direkt olarak faydalı ve zararlı şeklinde iki gruba ayırmak ve sonrasında da bir molekülün bakterileri tanıma ve ayırt edebilme kabiliyeti olduğun ve hatta sadece zararlı olanları yok edip, faydalı olanlara hiçbir zarar vermediğini iddia etmek tamamen asılsızdır, gerçek dışıdır. Bunu ispat edebilecek hiçbir bilimsel kanıt henüz makalelerde yayımlanmamıştır.