Bağırsak mikrobiyotasında yer alan bakterilere ait iki kavrama ait denge çok önemlidir; 1. Tür çeşitliliği 2. Sayı dengesi

Tür çeşitliliğinin korunması ve türlere ait sayısal dengenin varlıpı ve sürdürülmesi; Sağlık ile ilişkilidir. Her iki parametredeki denge bozuklukları ise; Hastalıklar ile ilişkilidir.

Sayısal denge ve türü çeşitliliğinin korunması sağlandığı müddetçe bütün bakteriler lehimizde ve bize faydalı görevleri sürdürmektedirler. Ancak tür çeşitliği ve/veya sayısal dengenin bozulması durumunda ise; bizim için faydalı olan aynı bakteriler çeşitli hastalıkların ve sağlık ile ilgili sorunların gelişmesine aracılık edebilirler.

Özetle: Bağırsak mikrobiyomda yer alan bakterileri 1. Faydalı bakteri 2. Zararlı bakteri şeklinde ayırmak bilimsel değildir.

Tür çeşitliliği ve sayısal denge bozulduğu zaman faydalı olan aynı bakteri zararlı gibi davranmaktadır. Çünki ilgili bakterinin sayısal dengesi de bozulmakta ve istenmeyen sonuçlar doğurmaktadır.