Merkezi sinir sitemini (MSS) içine alan pek çok hastalıkların, bağırsak mikrobiyotası ile ilişkili olduğuna dair son yıllarda çok sayıda bilimsel kanıtları içeren makaleler ve araştırmalar yayımlanmıştır. MSS ile ilgili birtakım hastalıklarda başlıca iki ana yolak vardır 1. Nörodejenerasyon (sinir hücrelerinde yıkımın ön planda olması) ile seyreden hastalıklar: Alzheimer Hastalığı (AH/AD), demans, Parkinson, multiple skleroz (MS) 2. Nöro-enflamasyon ile seyreden hastalıklar: Nöro-gelişimsel bozukluklar (Otizm, şizofreni), anksiyete, depresyon, dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu (DEHB/ADHD). Bu grup hastalıklarda mikrobiyota regülasyonu ile birlikte beyinde görülen ve başlıca ana mekanizma olan nöro-enflamasyon ile nörodejenerasyonun önlenmesine yönelik yaklaşımlar ana prensipler olmalıdır.