Otizm ile mikrobiyota arasındaki ilişkiye iki açıdan bakılabilir. 1. Gebelik öncesi ve gebelik dönemlerinde anne bağırsak mikrobiyota denge bozukluklarının sürecin tetiklenmesi açısından ilişkisi 2. Etkilenen çocukların bağırsak mikrobiyotasındaki denge bozukluklarının, bağırsak beyin bariyeri ve kan beyin bariyerlerinin koruyucu fonksiyonlarının bozulması geçirgenliğin artması sürecindeki etkileri ve beyinde doğurabileceği olumsuz sonuçlar. Aslında sistem bir bütündür ve topyekun bir denge söz konusudur. Mikrobiyota denge bozuklukları otizme veya kişiye özgü isabetli probiyotik formülasyonları ile tekrar tesis edilebilir.