يمكن تصنيف البروبيوتيك وفقًا لتركيبتها وأهداف استخدامها إلى ثلاث فئات رئيسية:

1. بروبيوتيك ذو تركيبة عامة
2. بروبيوتيك مخصص لحالات مرضية معينة
3. بروبيوتيك مخصص للفرد بناءً على تركيبته الميكروبيومية الشخصية

من دون شك، أفضل وأدق نوع من البروبيوتيك هو البروبيوتيك المصمم خصيصًا لكل فرد بناءً على ملفه الميكروبيومي. ومع ذلك، فإن البروبيوتيك المخصص لحالات مرضية معينة مثل التوحد لا يقل أهمية، حيث يمكن أن يكون فعالًا في تحسين توازن ميكروبيوتا الأمعاء لدى المصابين بالتوحد.

في حالة وجود خلل في توازن ميكروبيوتا الأمعاء، فإن استخدام البروبيوتيك والبريبايوتيك يمكن أن يكون مفيدًا للمساعدة في إعادة التوازن الميكروبيومي، مما قد يؤدي إلى تحسينات في الصحة العامة والسلوك العصبي لدى المصابين بالتوحد.