من أسباب الاضطرابات المناعية في التوحد، هو اختلال التوازن في الأنواع البكتيرية الموجودة في ميكروبيوتا الأمعاء، خاصة تلك التي تلعب دورًا هامًا في تنظيم المناعة (Immunomodulation). من هنا، من الممكن المساهمة في إصلاح مشكلات الجهاز المناعي من خلال تصحيح الخلل في توازن الأنواع البكتيرية التي تؤثر على المناعة. بالإضافة لذلك، فإن السيطرة على الالتهاب والإجهاد التأكسدي والإجهاد النيتروزأميدي، والتي تساهم في تفعيل الاستجابة المناعية الذاتية وإنتاج الأجسام المضادة الذاتية، يمكن أن يؤدي إلى إعادة تنظيم الاستجابة المناعية وتقليل الاضطرابات الوظيفية فيها.