من منظور الميكروبيوتا فقط، تشمل العناصر التالية:

1. التوازن العددي للميكروبيوتا
2. تنوع أنواع الميكروبيوتا
3. نواتج الاستقلاب النهائية المفيدة أو الضارة التي تنتجها الميكروبيوتا
4. الطفرات الجينية التي قد تنشأ في الميكروبيوتا
5. جينات مقاومة المضادات الحيوية وجينات إنتاج السموم في الميكروبيوتا
6. نفاذية الأمعاء
7. علاقتها ببقية أنظمة الجسم
8. إنتاج الأحماض الدهنية قصيرة السلسلة(SCFA – Short Chain Fatty Acids)
9. الهرمونات والجزيئات الإشارية التي تُفرزها خلايا الإنتروكرومافين الهرمونية في الأمعاء
10. الجهاز العصبي المعوي(ENS – Enteric Nervous System) وعلاقته بالجهاز العصبي الذاتي (الودي واللاودي) وتأثيراته الطبية النظامية
11. تصنيع الناقلات العصبية التي تؤثر على الدماغ داخل الأمعاء
12. دور الميكروبيوتا في الاستجابات الالتهابية والحساسية النظامية وتنشيط الإجهاد التأكسدي

كل هذه العناصر لها علاقات وثيقة مع جميع أنظمة الجسم وقد تؤدي إلى نتائج طبية مهمة تتعلق بالصحة والمرض.